Nas áreas onde o relevo é mais baixo, a floresta permanece alagada por mais tempo, formando verdadeiras lagoas nas margens dos rios Cristalino e Teles Pires. O nível da água das lagoas diminui com o passar da estação chuvosa, até secarem completamente nos meses de seca. Os locais de relevo mais alto ficam inundados por menos tempo e apresentam árvores altas, com até 25 metros de altura e 60 cm de circunferência, distribuídas espaçadamente. Epífitas e cipós são menos frequentes.
Dentre as principais famílias de árvores de grande a médio porte destaca-se a Leguminosae: Jutaí-pororoca (Dialium guianense), Ingás (Inga pruriens e Zygia latifolia), Angelim-do-brejo (Macrolobium acaciifolium), Pau-sangue (Pterocarpus santalinoides), Muirajibóia (Swartzia recurva), Tachi (Tachigali cf. myrmecohila).
Canoagem dentro da floresta alagada de igapó, remando no meio das árvores.
Entre as principais famílias de árvores de menor porte e arbustos estão: Apocynaceae: Malouetia tamaquarina e Chrysobalanaceae: Canela-de-cutia (Hirtella racemosa) dentre outras. Além de indivíduos jovens das árvores de dossel.
Entre as epífitas, destaca-se a família Araceae: Heteropsis tenuispadix e, entre os cipós, as famílias Connaraceae: Connarus punctatus, Passifloraceae: Maracujazinho (Passiflora misera) e Polygalaceae: (Moutaba guianensis).
Nas áreas onde o relevo é relativamente mais baixo e a floresta permanece alagada por mais tempo, encontram-se também árvores mais altas (18m) e de diâmetro maior, como Parajú (Calophyllum brasiliense - Clusiaceae), dentre outras espécies.
A diversidade de plantas herbáceas é baixa. No solo não encharcado ocorrem as pteridófitas , como a Selaginella conduplicata e as gramíneas. As epífitas encontradas pertencem às famílias das Araceae: Anthurium cf. bonplandii, antúrio selvagem dentre outras.
