As grandes surpresas da floresta amazônica como a Anta-brasileira (Tapirus terrestris) - maior mamífero da América do Sul, a Queixada (Pecari tajacu), o Cateto (Tayassu tajacu) e a Capivara (Hydrochoerus hydrochaeris) podem ser avistadas por aqui. Estes animais de grande porte se alimentam basicamente de plantas e raízes, movendo-se rapidamente pela floresta devido às suas pernas pequenas e compactas e aos seus corpos alongados. A Anta e a Capivara são muito atraídos pela água e são geralmente vistos ao longo da margem do rio nos meses de julho a outubro.
Outros mamíferos incluem as Ariranhas (Pteronura brasiliensis) e a Lontra (Lontra longicaudis), que são excelentes nadadoras e caçadoras de peixes.
Anta brasileira (Tapirus terrestris), maior mamífero da América do Sul.
A floresta é também habitada por sete espécies de macacos, como o endêmico Macaco-aranha-de-cara-branca (Ateles marginatus), Macaco-da-noite (Aotus infulatus), Macaco-prego (Sapajus apella), Bugio-de-mãos-ruivas-de-spix (Alouatta discolor), o Cuxiú-de-nariz-branco (Chiropotes albinasus), o raro Sagui-de-emília (Mico emiliae) e o Zogue-zogue (Plecturocebus moloch). Dessas espécies, o Macaco-prego, aranha-de-cara-branca, cuxíu-de-nariz-branco e bugio-de-mão-vermelha-de-spix são comumente avistados.
O macaco-aranha-de-cara-branca é símbolo da região do Cristalino.
Outras espécies menos comumente avistadas incluem o Tamanduá-mirim (Tamandua tetradactyla), Tamanduá-bandeira (Myrmecophaga tridactyla), a Irara (Eira barbara), o tímido Bicho-preguiça (Bradypus variegatus) ou a Preguiça-real (Choloepus didactylus). Já os raros encontros com a Onça-pintada, a Onça-preta (Panthera onca), a Onça-parda (Puma concolor) e a Jaguatirica (Leopardus pardalis) ocorrem somente uma ou duas vezes por ano.
Encontro com a jaguatirica (Leopardus pardalis).
Apesar da enorme biodiversidade, é importante levar em conta que a observação de animais na Amazônia é mais desafiadora que em ambientes de cerrado, pois a floresta é alta e densa. Além disso, muitas espécies apresentam baixa densidade populacional, devido à maior complexidade do ecossistema. Por outro lado, a recompensa é muito gratificante. Encontros com espécies endêmicas e especialistas ocorrem com frequência e existe uma variedade muito grande dentro das espécies observadas, fazendo com que o Cristalino Lodge nunca deixe de entreter e impressionar o visitante observador.
Além disso, o Cristalino Lodge segue as normas de turismo responsável, não alimentando animais nem interferindo no seu habitat natural, de forma que as espécies da fauna estão verdadeiramente sendo avistadas de acordo com seu comportamento natural.